Το Μεσόβουνο είναι το μοναδικό χωριό της Ελλάδας που θα γνωρίσει δύο φορές την μανία των κατακτητών. Την πρώτη φορά στις 23 Οκτωβρίου 1941 οι άνδρες της Βέρμαχτ θα πάνε στο χωριό μετά τις συνεχείς εκκλήσεις και αναφορές του διορισμένου κατοχικού νομάρχη Κοζάνης. Πρόκειται για την πρώτη ναζιστική θηριωδία που διαπράττεται σε ελληνικό έδαφος.
Σε επίσημα έγγραφα του κατοχικού νομάρχη Γεωργαντά, το 90% των κατοίκων του Μεσόβουνου είναι επικίνδυνοι κομμουνιστές. Και το Μάρτιο του 1941 ο τότε νομάρχης Κοζάνης ζητά τη διάλυση του Κοινοτικού Συμβουλίου Μεσόβουνου λόγω των κομμουνιστικών φρονημάτων των μελών του. Και τον Ιούλιο του 1941 αντικαταστάθηκε το Κοινοτικό Συμβούλιο από την Εθνικόφρονα Επιτροπή. Οι κάτοικοι του Μεσόβουνου πήραν από τις αποθήκες της τοπικής στρατιωτικής μονάδας όπλα και πυρομαχικά. Ακολούθησε η δημιουργία πυρήνα της αντιστασιακής οργάνωσης “Ελευθερία” και η συγκρότηση ένοπλης πολιτοφυλακής που ανέλαβε την περιφρούρηση του χωριού. Ενώ οι κάτοικοι αρνήθηκαν να παραδώσουν τη σοδειά τους στις δοσιλογικές αρχές και ένοπλες ομάδες ανταρτών άρχισαν να ανεβαίνουν στο Βέρμιο.
Ο νομάρχης Κοζάνης απευθύνει διαρκώς εκκλήσεις στη Βέρμαχτ να επέμβει και να καθαρίσει το Μεσόβουνο από τους κομμουνιστές. Ετσι, τα ξημερώματα της 23ης Οκτώβρη του 1941 το Μεσόβουνο περικυκλώνεται, συγκεντρώνονται και εκτελούνται οι άνδρες του χωριού, απομακρύνονται τα γυναικόπαιδα και πυρπολείται το χωριό. Η αναφορά του νομάρχη κάνει λόγο για 135 εκτελεσμένους, της γερμανικής διοίκησης για 142, ενώ άλλες πηγές ανεβάζουν τους εκτελεσμένους στους 165.
Το 1942 οι κάτοικοι επέστρεψαν στο χωριό τους και έχτισαν και πάλι τα σπίτια τους.
Τα ναζιστικά στρατεύματα όμως, θα επανέλθουν τρία χρόνια αργότερα με μια αιματηρή εκστρατεία σε απάντηση για τα πλήγματα που δέχονται από αντάρτικες ομάδες του ΕΛΑΣ που δρουν στην περιοχή του Βερμίου. Στις 22 Απριλίου 1944, στο πλαίσιο των εκκαθαριστικών επιχειρήσεων με την επωνυμία Μαγιάτικη Καταιγίδα (Maigewitter), που έλαβε μέρος σε όλη την έκταση του Βερμίου όρους, στο στόχαστρο τους μπήκαν τα χωριά Ερμακιά, Μεσόβουνο και Πύργοι. Μαζί με Έλληνες συνεργάτες τους των φασιστικών οργανώσεων της ΠΑΟ και γερμανοντυμένους άνδρες του τάγματος του Πούλου, ξεκίνησαν το δολοφονικό τους όργιο πραγματοποιώντας εκκαθαρίσεις σε όλο το πλάτος του Βερμίου.
Οι αντάρτες δεν κατάφεραν να αναχαιτίσουν τις γερμανικές ορδές. Η διμοιρία των σοβιετικών ανταρτών παρέμεινε στο ύψωμα έξω από το Μεσόβουνο προκειμένου να καθυστερήσει τις
γερμανικές δυνάμεις που θα χτυπούσαν το χωριό. Μετά από μάχη συμπτύχθηκαν αφήνοντας πίσω τους τρεις νεκρούς ήρωες, τον Αλεξέι, τον Αντρέι και τον Ρουμπέν.
Το Μεσόβουνο Εορδαίας θα γνωρίσει εκ νέου την μανία των κατακτητών. Το χωριό περικυκλώθηκε, οι ναζί διέταξαν τους κατοίκους να συγκεντρωθούν στην πλατεία, ενώ την ίδια ώρα, όσους εντόπιζαν να κρύβονται σε σπίτια, τους εκτελούσαν επί τόπου. Εκτελέστηκαν συνολικά 150 κάτοικοι.
Η καταστρεπτική μανία των ναζί εκδηλώθηκε άγρια στην περιοχή. Εκατοντάδες νεκροί άμαχοι, γυναίκες και παιδιά ήταν η πλειοψηφία των θυμάτων τους. Χωριά καμένα και λεηλατημένα, πλιάτσικο και ξεσπιτωμένες οικογένειες, βασανισμοί και βιασμοί.
