Πριν ακόμη ολοκληρωθεί η κατάληψη της Ελλάδας από τα γερμανικά στρατεύματα, η Κρήτη είχε τραβήξει την προσοχή της Ανώτατης Γερμανικής Διοίκησης, εξαιτίας της εξαιρετικής στρατηγικής θέσης στην Ανατολική Μεσόγειο.
Στις 21 Απρίλη 1941, σε ειδική στρατιωτική σύσκεψη, που συγκάλεσε ο Χίτλερ στο Βερολίνο, αποφασίστηκε η κατάληψη της Κρήτης. Στις 16 Μάη, είχε ολοκληρωθεί η μεταφορά στην περιοχή Αθηνών των αλεξιπτωτιστών και όλων των άλλων στρατιωτικών μονάδων, που προορίζονταν για την κατάληψη της μεγαλονήσου.
Για την επίθεση διατέθηκαν από την πλευρά των Γερμανών δυνάμεις 25 χιλιάδων ανδρών, 610 βομβαρδιστικά αεροπλάνα και στούκας, 502 μεταγωγικά αεροπλάνα. Οι συμμαχικές δυνάμεις που είχαν συγκεντρωθεί στην Κρήτη ανέρχονταν σε 42 χιλιάδες άνδρες (30 χιλιάδες Αγγλοι, Νεοζηλανδοί και Αυστραλοί και 12 χιλιάδες Ελληνες). Υστερούσαν, όμως, σε οπλισμό και πολεμική εμπειρία.
Η γερμανική επίθεση άρχισε στις 6 το πρωί της 20ής Μάη 1941, ύστερα από σφοδρότατο αεροπορικό βομβαρδισμό και τη ρίψη αλεξιπτωτιστών στην περιοχή Χανίων, με σκοπό την κατάληψη του αεροδρομίου στο Μάλεμε. Η πρώτη απόπειρα των Γερμανών για την κατάληψη του Μάλεμε απέτυχε εξαιτίας της σφοδρής αντίστασης που συνάντησαν κυρίως από το λαό της Κρήτης. Ανδρες, γυναίκες και παιδιά, με όποια μέσα διέθεταν, αντιμετώπισαν τους εισβολείς. Ομως, η διοίκηση των συμμαχικών δυνάμεων διέπραξε βαρύτατο σφάλμα, αφού δεν έριξε στη μάχη τις εφεδρείες που διέθετε, υπολογίζοντας ότι η κύρια επιχείρηση των Γερμανών θα γινόταν από θαλάσσης. Ετσι, οι Γερμανοί το βράδυ της 20ής Μάη κατάφεραν να δημιουργήσουν ισχυρό προγεφύρωμα και το μεσημέρι της 21ης Μάη κατέλαβαν το αεροδρόμιο του Μάλεμε. Η μάχη είχε ουσιαστικά κριθεί.
Ομως, ο ηρωικός λαός της Κρήτης συνέχισε την αντίστασή του, δημιουργώντας το έπος της Μάχης της Κρήτης, που έγινε αντικείμενο παγκόσμιου θαυμασμού. Αυτή η πολύνεκρη μάχη κράτησε περίπου 10 μερόνυχτα σ’ όλο το νησί. Στις 27 Μάη, το στρατηγείο της Μέσης Ανατολής διέταξε την κατάπαυση των εχθροπραξιών και την αποχώρηση των συμμαχικών δυνάμεων, μια απόφαση που εξέπληξε ακόμη και τους ίδιους τους Γερμανούς.